Snake Eyes: G.I. Joe Origins, bir Japon klanının varislerinin hayatını kurtarmasıyla kabul edilen Snake Eyes'ın epik hikayesini anlatıyor. Japonya'ya giden Snake Eyes, Arashikage klanı tarafından bir ninja savaşçısı olmanın yollarını öğrenir. Ancak klanın sunduğu sadece savaş becerileri değildir, aynı zamanda uzun zamandır özlemini duyduğu bir yuvadır. Yeni bir dünya kuran Snake Eyes, geçmişinden gelen sırların açığa çıkmasıyla karşı karşıya kalır. Bu sırların ortaya çıkması, onurunu ve sadakatini sınamakla kalmaz, aynı zamanda kendisini ve klanını tehlikeye atar. Snake Eyes, geçmişiyle yüzleşirken, içindeki savaşçı ruhu ve kararlılığıyla durumun üstesinden gelmeye çalışır. "Snake Eyes: G.I. Joe Origins", izleyicilere aksiyon dolu bir yolculuk sunarken, karakterin derinliklerine inerek onur, sadakat ve kimlik arayışını ele alır.
