Labirentten kaçmayı başaran Thomas ve arkadaşları, dünyayı kontrol eden acımasız organizasyon W.I.C.K.E.D.'e karşı direnen isyancı grup Right Hand ile bir araya gelmişlerdir. Ancak Teresa'nın ihaneti sonucu tekrar W.I.C.K.E.D.'ın eline düşmüşler ve Minho'yu kaybetmişlerdir. Minho'yu kurtarmak için harekete geçen Thomas ve arkadaşları, organizasyonun peşine düşerler. Bu mücadele sırasında verdikleri kararlar, sadece dostlarının değil, aynı zamanda dünyanın da kaderini değiştirecektir.
