Ninja Kaplumbağalar, New York'u korumak için yeniden bir araya gelirken, karşılarına çıkan yeni düşmanlarla mücadele etmek zorunda kalırlar. Shredder'ın kaçışıyla birlikte ortaya çıkan tehditler, kaplumbağaları daha büyük bir savaşın içine sürükler. Bu kez Shredder, akıl almaz bilim adamı Baxter Stockman ve iki kaba fedai Bebop ile Rocksteady ile ittifak kurarak dünyayı ele geçirmeye çalışır. Ninja kaplumbağaların bu yeni tehditle başa çıkabilmeleri için güçlerini birleştirmeleri gerekecek. Maskeli kahraman Casey Jones ve cesur gazeteci April O'Neil'in de yardımıyla, kaplumbağalar Shredder'ın kötü planlarını bozmaya çalışırken, karşılarına Krang gibi Shredder'dan daha güçlü bir düşman çıkar. Michael Bay'in yapımcılığını üstlendiği ve David Green'in yönettiği bu filmde Megan Fox, Will Arnett, Laura Linney, Stephen Amell, Tyler Perry, Noel Fisher, Jeremy Howard, Pete Ploszek, Alan Ritchson, Brian Tee, Stephen “Sheamus” Farrelly ve Gary Anthony Williams gibi deneyimli oyuncular yer alıyor.
