Ninja Kaplumbağalar: Mutant Kargaşası, Kaplumbağa kardeşlerin insan dünyasını korumak için verdikleri mücadeleyi konu alıyor. Uzun yıllardır insanların güvenliğini sağlamaya çalışan kaplumbağalar, artık sıradan gençler gibi görünmeyi ve New Yorkluların kalbini kazanmayı hedefliyorlar. Yeni arkadaşları April O'Neil'in de yardımıyla, gizemli bir suç örgütüne karşı başarılı bir mücadele verirler. Ancak, beklenmedik bir tehditle karşı karşıya kaldıklarında işler değişir. Üzerlerine salınan mutant ordusuyla mücadele etmek zorunda kalan kaplumbağalar, büyük bir tehlikeyle yüzleşirler. Bu kez, sadece New York'u değil, tüm insanlığı tehdit eden bir düşmana karşı savaşmak zorundadırlar. Kaplumbağa kardeşler, birbirlerine sıkı sıkıya bağlı olarak, karşılarına çıkan zorlukları aşmak ve dünyayı kurtarmak için el ele verirler. Ancak, bu kez verdikleri mücadele daha da zorlu ve ölümcül olacaktır.
